طراحی فاز یک و دو و نظارت چهار ایسگاه فضیلت، امام حسین، چمران و میرزای شیرازی از خط یک قطار شهری شیراز توسط مهندسین مشاور پژوهش به انجام رسیده است. هر چهار ایستگاه با اجرای کند و کوش طراحی و ساخته شدهاند. ایستگاه بزرگترین ایستگاه این مسیر بصورت تقاطعی بین خطوط 1 و 2 قطار شهری شیراز طراحی شده و در حال حاضر به صورت کامل به بهرهبرداری رسیده است. طراحی دو ایستگاه چمران و میرزای شیرازی در بخش کم عمق خط یک قرار دارند و عمق ریل در محدوده ایستگاه در حدود 10 متر است. بر این اساس، الگوی طراحی این دو ایستگاه از نوع یک طبقه است و سالنهای بلیت و فضاهای جنبی ایستگاه در مجاورت سکوهای آن جانمایی شده است.
قرارداد بازنگری طراحی ایستگاه ستاد (امام حسین) و قراردادهای تكمیلی در همین ایستگاه به عنوان تكمیل طراحی و نظارت كارگاهی در حال انجام است. ایستگاه امامحسین، در میدان امامحسین (ستاد) شهر شیراز واقع شده است. این ایستگاه بزرگترین ایستگاه خطوط 1 و 2 قطار شهری شیراز و ایستگاه تقاطعی بین این دو خط است. در این ایستگاه هر دو سکوی خطوط یک و دو بصورت جزیرهای و از نوع تقاطعی T شکل میباشند. بخش خط یک این ایستگاه، در سال ۱۳۹۷ و سکوی خط 2 در سال ۱۴۰۱ به بهرهبرداری رسیده و در حال حاضر بخشهای تکمیلی خط 2 در حال ساخت است. با بهرهبرداری از سکوی خط 2، اصلیترین هدف از ساخت این ایستگاه که ایجاد ارتباط بین دو خط قطار شهری است، به نتیجه رسیده است. همچنین این پروژه شامل طراحی و نظارت بر اجرای سازه تبدیل کراساور و تونل لینک بین خطوط یک و دو نیز می باشد. هم اکنون ساخت این سازه به اتمام رسیده و پروژه در مرحله روسازی مسیر میباشد. در آینده ارتباط ریلی بین دو خط اصلی شهر شیراز از طریق این سازه تبدیل و لینک برقرار خواهد شد. انجام مطالعات و طراحی ساختمان، تهویه و سیستم دفع دود این ایستگاه، برعهده مهندسین مشاور پژوهش بوده است.
شایان ذکر است این پروژه به دلیل پیچیدگی های طراحی و اجرا، جزو سه پروژه برتر انجمن بینالمللی تونل (ITA) در سال 2023 (به همراه پروژههایی از کشورهای چین و کانادا) قرار گرفته است.